A Bacia do Rio Sapucaí integra a bacia do rio Grande, localizando-se na região sudeste, atravessando dois estados, São Paulo e Minas Gerais. O Rio Sapucaí nasce na Serra da Mantiqueira, na cidade de Campos de Jordão – SP, a uma altitude de 1650 m, e deságua no Lago de Furnas a 780 m de atitude, atravessando, aproximadamente, 343 km (34 km dentro do Estado de São Paulo e 309 km em Minas Gerais).

A região de interesse para o sistema de alerta da cidade de Itajubá compreende a região a montante da cidade, denominada Bacia do Alto Sapucaí. Da nascente até uma seção imediatamente a jusante do ribeirão Piranguçú, o rio Sapucaí percorre 66 km drenando uma área de 1.050 km2.

Os principais afluentes do rio Sapucaí neste trecho são córrego do Casquilho, córrego do Itererê, rio de Bicas, rio Santo Antônio e ribeirão José Pereira, pela margem direita e, ribeirão dos Marmelos, ribeirão do Jacu, ribeirão São Bernardo, ribeirão Anhumas e ribeirão do Piranguçú, pela margem esquerda.

Nessa área, podem ser destacados pequenos açudes e barragens nos afluentes do Sapucaí e, principalmente, a Usina Hidrelétrica da Repi, localizada no rio de Bicas, a montante da cidade de Wenceslau Brás, formando um pequeno reservatório de 22,0 hectares. Existem duas outras usinas hidrelétricas na bacia, a UHE São Bernardo, da CEMIG, no ribeirão São Bernardo e UHE Fojo, da CESP, no córrego do Fojo, que operam com pequenos reservatórios, sem potencial de regularização.

Dentre os municípios mineiros, o Rio Sapucaí atravessa a cidade de Itajubá, para qual funciona o sistema de alerta.